В начале 30-х годов XX века было создано и действовало управление местного орошения Саратовского областного земельного отдела.

В конце 30-х и начала 40-х годов - управление ирригации Саратовского областного земельного отдела.

В соответствии с Постановлением Совета Народных Комиссаров СССР" от 21 ноября 1943 года решением Саратовского облисполкома от 9 декабря 1943 года (протокол №151) с 1 января 1944 года создано управление по местному орошению при Саратовском облисполкоме.

На основании указания Государственной Штатной Комиссии № 9-1209 от 25 июня 1948 года и решения Саратовского облисполкома от 5 августа 1948 года (протокол №35) - управление местного орошения при облисполкоме переименовано в управление водного хозяйства при Саратовском облисполкоме.

Решением Саратовского облисполкома в 1953 году при Саратовском областном управлений сельского хозяйства и заготовок создано управление водного хозяйства.

На основании Постановления Совета Министров РСФСР от 14 сентября 1954 года № 1508 «Об образовании областных управлений водного хозяйства из состава Саратовского областного управления сельского хозяйства выделено областное управление водного хозяйства.

Во исполнение Постановления Бюро ЦК КПСС по РСФСР и Совета Министров РСФСР от 16 ноября 1963 года №1337 бюро Саратовского сельского обкома КПСС и облисполкома постановлением от 17 апреля 1964 года (протокол №8) областное управление водного хозяйства было реорганизовано в Саратовское управление по орошаемому земледелию и водному хозяйству.

На основании Постановления Совета Министров РСФСР от 27 декабря 1965 года №1470 и решения облисполкома от 10 января 1966 года № 4 областное управление по орошаемому земледелию и водному хозяйству реорганизовано в Саратовское областное управление мелиорации и водного хозяйства.

В соответствии с Постановлением Совета Министров СССР от 18 мая 1978 года № 374 приказом Министра мелиорации и водного хозяйства РСФСР от 25 июня 1978 года № 452 образовано Саратовское производственное управление мелиорации и водного хозяйства.

Решением Комитета по управлению имуществом Саратовской области от 15 февраля 1993 года № 275 в связи с реорганизацией областного производственного управления мелиорации и водного хозяйства создано Государственное сельскохозяйственное предприятие по эксплуатации сельскохозяйственных мелиоративных систем и водоснабжению «Саратовсельмелиоводхоз».

Приказом Министерства сельского хозяйства и продовольствия Российской Федерации от 17 марта 1994 года № 54 в соответствии с Постановлением Правительства Российской Федерации от 10 февраля 1994 года №96 «О делегировании полномочий Правительства Российской Федерации по управлению и распоряжению объектами Федеральной собственности» создано Государственное предприятие по мелиорации и водному хозяйству в Саратовской области «Саратовмелиоводхоз».

Приказом Министерства сельского хозяйства и продовольствия Российской Федерации от 19 февраля 1997 года № 157 «О специально уполномоченном государственном органе в области мелиорации земель в Саратовской области» государственное предприятие по мелиорации и водному хозяйству преобразовано в Государственное учреждение — комитет по мелиорации земель и сельскохозяйственному водоснабжению по Саратовской области «Саратовмелиоводхоз».

Приказом Министерства сельского хозяйства Российской Федерации от 22 марта 2002 года № 293 «О федеральном государственном учреждении «Управление мелиорации земель и сельскохозяйственного водоснабжения по Саратовской области» Комитет по мелиорации земель и сельскохозяйственному водоснабжению по Саратовской области» реорганизован в федеральное государственное учреждение «Управление мелиорации земель и сельскохозяйственного водоснабжения по Саратовской области» (ФГУ «Управление «Саратовмелиоводхоз»).

Приказом Министерства сельского хозяйства Российской Федерации от 17 мая 2011 года № 126 «О переименовании ФГУ в ФГБУ» федеральное государственное учреждение «Управление мелиорации земель и сельскохозяйственного водоснабжения по Саратовской области» (ФГУ «Управление «Саратовмелиоводхоз») переименован в федеральное государственное бюджетное учреждение «Управление мелиорации земель и сельскохозяйственного водоснабжения по Саратовской области» (ФГБУ «Управление «Саратовмелиоводхоз»).