Природоохранные мероприятия, осуществляемые Управлением, полностью компенсируют отрицательное воздействие мелиоративного производства на природную среду. За последние годы нет ни одного нарекания со стороны природоохранных организаций к Управлению и филиалам по вопросам выполнения природоохранного законодательства. Все это обусловлено тем , что специалистами Управления под руководством директора Юрия Заигралова осуществляется практически ежедневный контроль по этим вопросам. На всех совещаниях и семинарах, проводимых Управлением, в обязательном порядке проводится анализ выполнения природоохранных мероприятий и намечаются пути решения возникающих проблем.

В государственный реестр объектов, оказывающих негативное воздействие на окружающую среду были поставлены на учет тринадцать  производственных площадок  III категории и четыре – IV категории. Согласно Федеральному закону от 10.01.2002 N 7-ФЗ "Об охране окружающей среды", для объектов, оказывающих негативное воздействие на окружающую среду III категорий для филиалов Управление, был разработан производственный экологический контроль (ПЭК).

Временное  накопление отходов происходит согласно нормативной документации и Инструкциям по обращению с отходами  на  оборудованных местах (площадках). Ведется строгий учет движения отходов (Журналы). Передача отходов на утилизацию происходит только в лицензированные организации. Следует отметить хорошую работу по этому направлению руководителя ФСМО Александра Чернова, Балаковского филиала Михаила Болмосова, Энгельсского филиала Кристину Чуркину.

В установленные «Росприподнадзором»  сроки  были сданы отчеты по годовой форме «Техотчет», годовой отчет 2ТП-отходы. В данный момент идет расчет Декларации о плате за негативное воздействие на окружающую среду.

В целях уменьшения негативного воздействия на окружающую среду во всех филиалах и в Управлении светильники с ртутными лампами были практически полностью заменены на светодиодные светильники. Экономия на утилизацию опасного отхода 1 класса опасности составит 100 тыс. рублей. По годовому отчету за 2018 год по ФГБУ образовалось 75 тонн опасный отходов, что на 105тонн меньше чем в 2017 году. Основная работа по этому направлению была проведена в Приволжском филиале, Саратовском канале, Калининском и Ершовском филиалах.

Под руководством специалиста Управления , занимающейся этими  вопросами Юлии Дороховой,  с опережением графика было выполнено Предписание об устранении нарушений природоохранных требований выявленных в октябре 2017 года в ходе  плановой проверки Управления Федеральной службы по надзору в сфере природопользования по Саратовской области.